Výzkum na Ústavu molekulární genetiky stojí na čtyřech pilířích.
První pilíř tvoří 26 výzkumných a servisně-výzkumných skupin, které zajišťují základní výzkum v souladu s etickým kodexem výzkumných pracovníků Akademie věd České republiky. Většinu těchto skupin najdete v sídle IMG v Krči (areál Akademie věd ČR), několik dalších potom v Centru BIOCEV ve Vestci u Prahy.
Druhým pilířem jsou servisní skupiny (nebo-li výzkumné servisy), které mj. provozují pokročilá zobrazovací a sekvenační zařízení, poskytují proteomické a cytometrické služby, nebo zajišťují biologické modelové systémy. Jejich služby jsou dostupné i vědeckým pracovníkům mimo IMG a komerčním organizacím.
Třetí pilíř představují 4 výzkumné infrastruktury, které najdete jak v Krči, tak v Centru BIOCEV ve Vestci. Díky kombinaci základního a aplikovaného výzkumu mají infrastruktury velký přesah do komerční praxe.
Čtvrtým pilířem je mezinárodní prostředí a spolupráce. Odlišný pohled našich zahraničních pracovníků a PhD studentů náš výzkum obohacuje a rozvíjí jej produktivním a často nečekaným směrem. I díky tomu patříme mezi jednu z předních institucí Akademie věd České republiky.