Laboratoř genomiky a bioinformatiky

Zaměřujeme se na výzkum transkriptomiky nádorů a aplikaci bioinformatických nástrojů v základním biologickém výzkumu

+ genomika, + bioinformatika, + NGS sekvenování, + transkriptomika nádorů

Michal Kolář

Vedoucí laboratoře

michal.kolar@img.cas.cz

Vědecká kariéra – Milníky

od 2020: Vedoucí servisně výzkumné skupiny, IMG, Praha

2017-2020: Vedoucí servisní skupiny, IMG, Praha

2005-2006: Postdoktorand, Institute of Theoretical Physics, University of Cologne, Kolín nad Rýnem, Německo

2005: PhD, International School for Advanced Studies, Trieste, Itálie

Faktory podílející se na buněčné komunikaci v nádorovém stroma

Jsme součástí dlouhodobého projektu zaměřeného na buněčnou komunikaci mezi složkami nádorového mikroprostředí u spinocelulárního karcinomu a rakovin kůže. Popsali jsme interakce mezi nádorově-asociovanými fibroblasty a nádorovými buňkami. [pubmed] [doi]

AmtDB – databáze starodávných lidských mitochondriálních genomů

Vyvinuli jsme a provozujeme klíčovou platformu pro populačně-genetické studie – databázi starodávných lidských mitochondriálních genomů AmtDB (amtdb.org). Díky tomu mají ostatní výzkumné skupiny přístup k údajům, které lze využít ke sledování dávných demografických událostí. [pubmed] [doi] [AmtDB]

Spojitost mezi asexualitou, hybridizací a speciací

Zapojili jsme se do výzkumu hybridní sterility ryb, jmenovitě evropských sekavců, a různých druhů pěvců (včetně slavíka). Dospěli jsme k závěru, že hybridní asexualita může nepřímo přispívat k procesu speciace. [pubmed] [doi]