Centrum mikroskopie koordinuje a poskytuje logistické služby v rámci výzkumných infrastruktur Czech-BioImaging a Euro-BioImaging ERIC, zejména slouží jako centrální hub pro národní infrastrukturu Czech-BioImaging a jako koordinátor pražského uzlu konsorcia Euro-BioImaging ERIC.
Prostřednictvím přidružených mikroskopických facilit je poskytován přístup uživatelů v režimu „open access“ k širokému spektru nejmodernějších přístrojů a technik světelné a elektronové mikroskopie, dále konzultační služby, příprava vzorků, analýza dat, nástroje pro zpracování obrazu a interpretace získaných výsledků a další.
Centrum mikroskopie spolu s facilitami světelné mikroskopie a elektronové mikroskopie organizuje školení v oblasti mikroskopie a dlouhodobě také spolupracuje s dalšími účastníky národních mikroskopických aktivit, Československou mikroskopickou společností a s výrobci mikroskopů v oblasti vývoje nových mikroskopických metod a inovací stávajících mikroskopických přístrojů.
Czech-BioImaging
Centrum mikroskopie koordinuje infrastrukturu Czech-BioImaging (CzBI). CzBI je národní vědecká infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování. Infrastruktura je v současnosti podporována z několika projektů poskytovaných Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy. Těmito projekty jsou „Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování (Czech-BioImaging)“ LM2015062 (2016-2019) a LM2018129 (2020-2022), které jsou financovány z účelové podpory MŠMT pro velké výzkumné infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace.
Centrum mikroskopie plní roli centrály infrastruktury CzBI a funguje jako sekretariát řídících a poradních orgánů CzBI, udržuje webové stránky a databázi CzBI a koordinuje všechny aktivity CzBI, např. uživatelský přístup, vzdělávací aktivity, společné projekty.
Pražský uzel Euro-BioImaging ERIC
Centrum mikroskopie koordinuje účast České republiky v pan-evropské výzkumné infrastruktuře Euro-BioImaging ERIC (EuBI), která umožňuje přístup ke špičkovým zobrazovacím technologiím, poskytuje podporu při jejich využívání, pořádá expertní školení a zprostředkovává poradenství v otázkách správy zobrazených biologických a biomedicínských dat. Dále centrum zastupuje EuBI v projektu Horizontu 2020 „Vzdělávací program pro výzkumné infrastruktury (RItrain)“.
Dále centrum mikroskopie koordinuje Pražský uzel EuBI pro pokročilou světelnou mikroskopii a elektronovou mikroskopii, který sdružuje zobrazovací pracoviště Ústavu molekulární genetiky AV ČR, Fyziologického ústavu AV ČR, Ústavu experimentální botaniky AV ČR a BIOCEVu Univerzity Karlovy v Praze
Činnost Centra mikroskopie je podpořena z projektu LM2015062.